Malign perikard efüzyonunda proteomiks analizi ve malignite ile ilişkili protein profilinin belirlenmesi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Kocaeli Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2009
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SABİYE YILMAZ
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): MURAT KASAP
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Perikard boşluğunda normalden fazla sıvı toplanması ile perikardiyal efüzyon oluşur. Perikard efüzyonlarının en önemli nedenlerinden birisi malignitelerdir, bunların başında da akciğer kanserleri yer almaktadır. Etiyolojisinin çeşitliliği nedeniyle tanı ve tedavi yaklaşımlarında önemli farklılıklar vardır. Proteomiks, özellikle postgenomik dönemde bir hücre, doku veya biyolojik sıvıların protein profillerinin araştırılmasında bir anahtar teknoloji olarak karşımıza çıkmaktadır. Proteomiks analizi efüzyondaki protein profillerinin tanımlanmasında, hastalığın mekanizmasının proteine dayalı araştırılmasında, tanı için yeni bir biyobelirteç keşfinde ve ilaç tedavisi için yeni hedeflerin belirlenmesinde güçlü bir araçtır.Bu çalışmadaki amacımız akciğer kanserli hastalarda gelişen perikard efüzyonundaki protein içeriğinin proteomiks analizi ile tanımlanması ve malignite ile ilişkili olabilecek yeni bir belirteç proteinin varlığının araştırılmasıdır.Materyal-Metod: Perikard sıvı örnekleri kardiyak tamponad kliniği ile Kocaeli Üniversitesi Tıp Fakültesi Koroner Yoğun Bakım Ünitesine yatırılan hastalardan, ekokardiyografi eşliğinde yapılan perikardiyosentez işlemi ile alındı. Kontrol grup hastalarının sıvıları ise koroner arter bypass cerrahisi (CABG) sırasında Kocaeli Üniversitesi KDC tarafından intraoperatif olarak perikardın açılması sırasında alındı. Örnekler -80ºC'de saklandı. 2-D jel elektroforezinde birinci boyutta izoelektrik fokuslama ile proteinler izoelektrik noktalarına göre ayrıldıktan sonra ikinci boyutta moleküler ağırlıklarına göre ayrıldı. Elde edilen jeller Coomasia boyası ile boyanarak protein spotları açığa çıkarıldı. Görüntü analizi Melanie 7 Viewer programı ile yapıldı. 2-D jel haritasındaki protein spotları öncelikle görsel olarak değerlendirildi ve upregülasyona veya downregülasyona uğrayan proteinler saptandı. Proteinlerin tanımlanabilmesi için data analiz metodu halihazırda bulunmadığından proteinler tanımlanamadı. Ancak Melanie 7 programı ile her bir jeldeki protein spotları işaretlendi ve birbirleri ile karşılaştırıldı. Perikardiyal efüzyondaki protein spotları normal insan plazmasının 2-D jelindeki protein spotları ile moleküler ağırlıklarına göre karşılaştırıldı.Bulgular: Malign perikardiyal efüzyonlarda daha fazla proteinin salındığı ve bu proteinlerin plazma ve serumda bulunan proteinlerle benzer olduğu görülmüştür. Saptanan proteinlerin yeni bir biyobelirteç olma olasılığının düşük olmasına rağmen bu proteinlerin KAH grubunda olmaması belki de olası ilaç tedavisi için yol gösterici olabilir. Çalışmada bu proteinlerin isimlendirilmesi yapılamamış, fonksiyon ve varlığı ile ilgili net bir karar birliğine varılamamış olsa da bu veriler malign perikardiyal efüzyonlarda total protein proteomiks analizinin genişletilerek devam edilmesini destekler.Sonuç: Proteomiks ile belirlenen tümör hücrelerinin salgıladığı proteinler tümör yükünü ve tedaviye verdiği cevabı gösterebilir ve gelecekte güçlü ve ümit verici tümör belirteçi olabilir. Tanı, tedavinin belirlenmesi ve prognoz tayininde kullunılabilinir. Proteomiks alanında her geçen gün gelişmeler artmaktadır, daha güçlü data analiz programları geliştirilmektedir. Bu gelişmeler altında gelecekte sensitivitesi ve spesifisitesi artmış bir protein biyobelirteçi bulunabilecektir.Literatürde perikardiyal efüzyonun proteomiks analizini içeren birkaç çalışma vardır. Proteomiks alanındaki son ilerlemeler bariz olsa da, şu anki çalışmalarla hastalıkların tanısında yeni, özgül bir belirteç ve tedavinin bireyselleştirilmesinde yeni moleküler bir hedef bulma amacına henüz ulaşılamamıştır. Proteomiks çalışmalarında saptanan hedef molekülün klinik kullanımda yeterli salınabilmesi lazımdır. Ayrıca sıvılarda protein konsantrasyonlarındaki dinamik değişkenlik, sıvıların analizinde devam eden bir problemdir.