Amaç: Gliomanın oldukça agresif bir formu olan glioblastoma, tüm malign beyin tümörlerinin %80'ini ve tüm gliomaların %55'ini oluşturan en yaygın malign beyin tümörüdür. Tedaviye rağmen glioblastomalı hastalar için medyan sağkalım bir yıldan biraz fazladır. Bu çalışma, gen ekspresyon farklılıklarının ve yollarının glioma gelişimi ve ilerlemesindeki etkisini anlamayı amaçlamaktadır. Yöntem: Çalışmaya Gene Expression Omnibus (GEO) veritabanından 150 glioma örneği ve 15 normal beyin doku örneği dahil edildi. Normal doku ile derece II, III ve IV glioma dokuları arasında diferansiyel olarak eksprese edilen genleri (DEG'ler) elde etmek için GeneSpring yazılımı kullanıldı. DEG'ler, GO ve KEGG yolak analizi için DAVID arayüzü kullanılarak analiz edildi. Cytoscape yazılımındaki STRING uygulaması kullanılarak her derecede en çok bağlantıya sahip 15 gen merkez gen olarak seçildi. Bulgular: DEG'ler nöroaktif ligand-reseptör etkileşimi, sistemik lupus eritematozus, komplement ve pıhtılaşma kaskadları ve GABAerjik sinaps ile ilişkilendirildi. Toplam 21 gen (ALB, CXCL8, EGF, EGFR, FN1, GAPDH, GNG13, GNG7, GNGT1, IL10, IL6, INS, KNG1, MAPK1, MYC, NOTCH1, SRC, STAT3, TNF, TP53 ve VEGFA) merkezi gen olarak belirlendi. Merkezi genler arasında INS geni, bütün derecelerde en yüksek bağlantı düzeyine sahip olduğu bulundu. IL6, düşük sağkalım ile ilişkilendirildi ve yüksek dereceli gliomalarda rol oynadığı düşünüldü. STAT3 ve düşük sağkalımla ilişkili EGF, derece IV'de tespit edildi. İnsan sitomegalovirüsü (HCMV) enfeksiyonu, merkez genlerin KEGG analizine göre yüksek dereceli gliomalarda en anlamlı yol olarak ortaya çıktı. Sonuç: Bu çalışmanın bulguları, gliomalar için potansiyel prognostik ve terapötik hedefleri işaret etmektedir.
Objective: Glioblastoma, a highly aggressive form of glioma, is the most common malignant brain tumor, accounting for 80% of all malignant brain tumors and 55% of all gliomas. The median survival for patients with glioblastoma is just over one year, despite treatment. This study aims to understand impact of gene expression differences and pathways in the glioma development and progression. Methods: 150 glioma samples and 15 normal brain tissues were included in the study from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. GeneSpring Software was used to obtain the differentially expressed genes (DEGs) comparing tumor and normal. The DEGs were analyzed using the DAVID interface for GO and KEGG pathway analysis. Most connected 15 genes were selected as hub genes for each grade using the STRING application in Cytoscape software. Results: DEGs were found associated with neuroactive ligand-receptor interaction, systemic lupus erythematosus, complement and coagulation cascades, and GABAergic synapse. A total of 21 genes (ALB, CXCL8, EGF, EGFR, FN1, GAPDH, GNG13, GNG7, GNGT1, IL10, IL6, INS, KNG1, MAPK1, MYC, NOTCH1, SRC, STAT3, TNF, TP53, VEGFA) were identified as hub genes. Among them, INS was found having the highest level of connections in all grades. IL6, were found associated with poor survival and is implicated in high-grade gliomas. STAT3 and poor survival-related EGF were detected at grade IV. The human cytomegalovirus (HCMV) infection was revealed to be the most significant pathway in high-grade gliomas according to KEGG analysis of hub genes. Conclusion: Sonuç 8p, CalibriFindings of the current study suggest potential prognostic and therapeutic targets for the gliomas.
