Son yıllarda bilgisayar teknolojilerindeki gelişmelerle birlikte ilaç geliştirme
çalışmaları için bilgisayar destekli ilaç tasarım yöntemleri geliştirilmiştir.
Böylece ilaç geliştirme süreci, maliyetli ve zaman alıcı laboratuvar çalışmaları
yerine kısa sürede ve düşük maliyetle tamamlanabilmektedir. Bu çalışmada 6
metilpirimidin-2-kloro-5-(2-hidroksietil)-4-metoksi molekülünün moleküler
tanımının daha iyi anlaşılabilmesi için protein-ligand etkileşiminin altında yatan
fizikokimyasal (moleküler yerleştirme gibi) mekanizmalar detaylı olarak
incelenmelidir. Bu nedenle, moleküler yerleştirme için AutoDock Tools (ADT)
sürüm 1.5.6 paketi kullanılarak birleştirme işlemleri ise AutoDock 4.2 paketi
kullanılarak gerçekleştirildi. Sars-CoV-2 hedef proteini (PDB 5r7y) ve ligand (6
metilpirimidin-2-kloro-5-(2-hidroksietil)-4-metoksi)
etkileşimini
incelendi. İncelenen molekül, etkili inhibisyon özellikleri göstermiştir (∆Gbind
moleküler
=-2.36 kcal/mol). Bu durum, PDB 5r7y de heyecan verici etkiye sahiptir. Bu
molekülün COVID-19 hastalığına ilaç adayı olarak belirlenmesi için daha fazla
laboratuvar araştırması gereklidir.
In recent years, with the advancement of computer technologies, computer-aided drug design (CADD) methods have been developed for drug discovery studies. Thus, the drug development process can be completed in a shorter time and at a lower cost compared to costly and time-consuming laboratory experiments. In this study, in order to better understand the molecular characterization of the 6-methylpyrimidine-2-chloro-5-(2-hydroxyethyl)-4-methoxy molecule, the physicochemical mechanisms underlying protein–ligand interactions (such as molecular docking) were investigated in detail. For this purpose, AutoDock Tools (ADT) version 1.5.6 was used for molecular docking preparation, and docking calculations were performed using the AutoDock 4.2 package. The interaction between the SARS-CoV-2 target protein (PDB ID: 5R7Y) and the ligand (6-methylpyrimidine-2-chloro-5-(2-hydroxyethyl)-4-methoxy) was analyzed. The investigated molecule exhibited effective inhibitory properties (ΔG_bind = −2.36 kcal/mol). This result indicates a promising effect on PDB 5R7Y. However, further experimental and laboratory studies are required to identify this molecule as a potential drug candidate for the treatment of COVID-19
