Hidrobiyoloji ArGe Laboratuvarında ülkemizin su ekosistemleri başta olmak üzere ulusal ve uluslararası düzeyde Hidrobiyoloji çalışmaları yapılmaktadır.
Bu çalışmalar kapsamında;
Ülkemizin su sistemlerindeki Biyolojik Çeşitlilik envanterlerinin çıkarılması,
Su ekosistemlerini etkileyen kirleticilerin etkilerinin değerlendirilmesi,
Fitoplankton kültür ortamlarının kullanıldığı Ekotoksikoloji çalışmaları,
Ekosistem kalitesi üzerine Ekosistem Değerlendirme çalışmaları,
İklim değişikliği ve okyanus asitlenmesinin canlılar üzerindeki etkilerinin değerlendirildiği ve sürdürülebilir yaşam koşullarının belirlendiği mikrokozm ve mesokozm çalışmaları,
ve İzmit Körfezi ve Marmara denizi başta olmak üzere ülkemizin Özel Çevre Koruma Bölgelerinde nokta ve yayılı kaynaklardan gelen kirleticilerin neden olduğu tahribatlar konusunda araştırmalar yürütülmektedir.